Sus 29.801 km² de superficie hacen que Misiones sea la segunda provincia más pequeña después de Tucumán, representando tan sólo un 0,8% del total del país.

Integra el macizo de Brasilia a través de la meseta misionera. Sus rocas contienen importantes cantidades de hierro. Éste se descompone y forma parte del suelo, otorgándole el color rojo característico. Por el centro de la meseta se eleva la Sierra de Misiones o Central, que hace de divisoria de aguas entre los ríos Paraná y Uruguay llegando a su mayor altura, 843 msnm, cerca de Bernardo de Irigoyen, en el Cerro Rincón. Al sur se halla la Sierra del Imán o Itacuara y al norte la Sierra de la Victoria, que hace de divisoria de aguas entre los ríos Paraná e Iguazú. Este último, al cortar las sierras forma las Cataratas del Iguazú.

La Selva

La selva subtropical ocupa un 35 % del territorio de la provincia, y las causas más graves de su desaparición son la deforestación indiscriminada y la quema para llevar a cabo prácticas agrícolas.

Se destaca por altos registros pluviométricos que son resultado de los vientos húmedos provenientes del Océano Atlántico.

La humedad media relativa varía del 75% al 90% con importantes rocíos nocturnos. Las temperaturas oscilan los 16 ºC promedio para la estación "invernal" y 25 ºC promedio para los meses de enero y febrero. Alcanzando temperaturas de 40 ºC durante el día.

Recursos hídricos

La provincia se encuentra rodeada por cinco ríos, de los cuales tres son de gran importancia: el Paraná, el Uruguay y el Iguazú natural desagüe de grandes regiones con lluvias abundantes. Los otros dos son el San Antonio y el Pepirí Guazú. En ellos desembocan no menos de 800 cursos permanentes de agua, de los cuales 270 fluyen hacia el Paraná y el arroyo Itaembé, 120 hacia los ríos Iguazú y San Antonio, y los restantes hacia los ríos Uruguay y Pepirí Guazú.

Las Cataratas

Las Cataratas del Iguazú, localizadas en la frontera entre el estado Brasileño de Paraná y la provincia de Misiones, se encuentran dentro del Parque Nacional Iguazú. Están formadas por 275 saltos de hasta 70 m de altura, alimentados por el caudal del río Iguazú. Las islas más conocidas San Martín e Isla Grande: se encuentran río arriba, dividiéndolo en dos brazos que se reúnen poco después, cayendo a través de rudas formaciones de basalto y de lava hasta chocar en la Garganta del Diablo, donde el río prosigue hasta desembocar en el río Paraná y, de ahí, a través del río Paraguay, contribuir a la formación de la Cuenca del Plata.

Clima

Se desarrolla el clima subtropical sin estación seca, lo que convierte a Misiones en una de las provincias más húmedas del país. Los vientos predominantes son los del nordeste, sudeste y este. La vegetación es la llamada selva misionera. Parte de ella ha sido transformada por el hombre para implantar cultivos o ganadería. El bioma original se encuentra protegido en el Parque Nacional Iguazú y otros parques y reservas provinciales.

El clima hace aproximadamente cuatro años está cambiando de manera preocupante en esta provincia. Cada vez hay menos días de frío y más sequías (en este clima no deberían existir). Esto se debe al calentamiento global y a la tala indiscriminada de árboles, que se practicó durante muchos años en esta provincia. En los últimos quince años se tomaron medidas de protección, controlando el uso racional de los recursos naturales, aunque todavía en algunas zonas de la provincia hay empresas que los explotan desmedidamente, por lo que se han expropiado tierras a algunas de éstas.

Otro problema es el de la gran cantidad de campesinos que talan la selva para realizar cultivos o ganadería, e instalarse a vivir con sus familias, ya que degradan la selva, y suelen matar animales salvajes que puedan causar daños al ganado o a los cultivos.