Se hicieron elecciones populares de primer grado en las trece provincias confederadas, en el mes de noviembre de 1859. Las juntas electorales se reunieron el 6 de febrero de 1860 y votaron 125 de los 128 electores que componían el colegio electoral: 72 votaron por Derqui y 46 por Fragueiro para la presidencia; para la vicepresidencia el general Pedernera obtuvo 45 votos, Marcos Paz 49, Benjamín Virasoro 17. Como ninguno de ellos obtuvo la mayoría absoluta, la elección la decidió el Congreso, que eligió a Pedernera por 32 votos contra 22 de Marcos Paz.

El país asistió a la primera transmisión del mando presidencial de conformidad a lo establecido en la Constitución.

Santiago Derqui (1801-1867) había nacido en Córdoba y presidió el Congreso Constituyente de Santa Fe (1852-1853) y cuando se hizo cargo de la presidencia de la Confederación el 5 de marzo de 1860, junto con el general Esteban Pedernera como vicepresidente, era ya un hombre con un pasado político muy activo en la lucha contra la dictadura de Rosas. Cuando Urquiza se pronunció contra Rosas en mayo de 1851, Derqui regresó de la expatriación y se vinculó con el gobernador entrerriano. Cuando Urquiza constituyó el gabinete designó a Derqui ministro de Justicia e Instrucción Pública, pero además desempeñó todos los ministerios con excepción del de Guerra y Marina, como titular o interinamente. Como ministro de Urquiza le tocó intervenir en varias provincias para hallar soluciones en sus conflictos internos y llevarlas al cauce de la Constitución, cuando se desviaban de ella.

Juan Esteban Pedernera (1796-1886) nació en San Luis y en 1815 se incorporó al regimiento de granaderos a caballo de San Martín y asistió a las batallas de Chacabuco, Cancha Rayada, Maipú y el sur de Chile. Se destacó en la campaña del Perú y regresó al país en 1826. Al mando de un regimiento tomó parte en la guerra contra el imperio de Brasil. Luego se incorporó a la división del general Paz en su lucha contra Rosas (1829). Tuvo que emigrar a Bolivia y Perú, donde le reconocieron sus antiguos servicios; en 1840 volvió a la lucha contra la dictadura y acompañó a Lavalle en la campaña que terminó con su muerte en Jujuy, y luego con el traslado de sus restos a Potosí, por el grupo de sobrevivientes. Regresó al país en 1855 y fue senador en el Congreso de Paraná en representación de San Luis, de la que también fue electo gobernador en 1859. Renunció a este cargo para asumir en marzo de 1860 la vicepresidencia.

Realizada la trasmisión del mando, Derqui dictó el mismo día un decreto nombrando a Urquiza general en jefe de los ejércitos de la Confederación.

El momento se presentaba propicio para un acuerdo generoso que sepultara las viejas rencillas. La presidencia de Urquiza había sido, pese a lo dificultoso de su gestión, constructiva. Correspondía por lo tanto hacer una política de acercamiento y no de agresión.

Derqui, representante de la Confederación, y Mitre, gobernador de Buenos Aires, depusieron enconos y llegaron a un completo entendimiento. Prueba de ello fue el intercambio de visitas protocolares: a Buenos Aires, el 25 de mayo, y a Paraná el 9 de julio.

Otro síntoma del buen camino que tomaban las relaciones de Buenos Aires con la Confederación lo daba el hecho de que el ministro de Hacienda fuera Norberto de la Riestra, candidato de Mitre, y que el ministro de Relaciones Exteriores fuera el Dr. Pico, porteño también.

Pero esa concordia volvió a ser enturbiada a causa de los acontecimientos de San Juan. Un grupo de revolucionarios atacó la casa de gobierno. En el asalto murieron el gobernador, José Virasoro, y otras personas que lo acompañaban. Los revolucionarios nombraron gobernador a Antonio Aberastain, partidario de los porteños. El presidente Derqui desconoció el nombramiento e intervino la provincia. Los sanjuaninos se resistieron y el gobierno federal envió el coronel Saá, en enero de 1861, para ratificar la intervención. Las fuerzas de Saá derrotaron a los revolucionarios en el combate de Pocitos. Aberastain y muchos de sus partidarios fueron ejecutados. La represión fue sangrienta y disgustó a los porteños, abriendo antiguas heridas.

Además, el Congreso Nacional rechazó los diplomas de los diputados electos por Buenos Aires por no haberse ajustado la elección de los mismos a las disposiciones legales. Buenos Aires se negaba a aceptar a un presidente en cuya elección no había tomado parte. La crisis fue en aumento, como lo evidencia la correspondencia intercambiada entre Urquiza y Mitre en tono fuerte y recíprocas acusaciones.

Mitre se manifestó resuelto a no efectuar nuevas elecciones a costa que de ello resultara una nueva guerra. Los dos senadores de Buenos Aires renunciaron por solidaridad con los diputados no reconocidos. Entonces el gobierno federal dispuso intervenir la provincia y confió esta misión a Urquiza. Por ese entonces las relaciones entre Derqui y Urquiza no eran muy cordiales. El presidente se trasladó a Córdoba para organizar un ejército, dejando a Urquiza solamente las fuerzas entrerrianas y correntinas. Más tarde ambos núcleos se juntaron, pero su distinto origen afectó su homogeneidad. A 17.000 hombres, Buenos Aires oponía 22.000 mejor armados y disciplinados.

Las provincias que no habían estado sumisas a la autoridad nacional más que aparentemente, crearon al gobierno de Derqui abundantes problemas. Fueron intervenidas entre otras La Rioja, Santiago del Estero, San Juan, Córdoba; el vicepresidente Pedernera ordenó la intervención en Santa Fe y finalmente también a pedido de Pedernera, el Congreso declaró a Buenos Aires en rebeldía, y se autorizó al Poder Ejecutivo a intervenirla.

 

LA BATALLA DE PAVÓN

El 7 de julio de 1861 la Legislatura de Buenos Aires autorizó al gobernador Mitre para que ?removiese los obstáculos que se opusieron a la incorporación de los diputados al Congreso y retardaban la definitiva incorporación de la provincia al resto de la República?.

Desde mediados de julio las fuerzas de Buenos Aires fueron concentrándose en Rojas para su organización e instrucción. El ejército del a Confederación avanzó desde el norte hacia Arroyo Pavón, donde se detuvo para ultimar detalles de organización y de instrucción, pues su infantería era bisoña y no tenía experiencia en batalla.

Un fuego intenso de artillería de la Confederación inició la batalla; la infantería porteña recibió el fuego, pero logró avanzar hasta las proximidades de la infantería federal sosteniendo un vivo combate. Tras horas de lucha Urquiza se retiró derrotado. En poder del ejército de Buenos Aires quedaron 22 piezas de artillería, 2.500 fusiles, 57 carretas con todo el parque, 11 banderas de guerra, 12 jefes, 110 oficiales y 1.650 soldados prisioneros. Las pérdidas del ejército porteño, que comandaba Mitre, fueron 13 oficiales y 162 soldados muertos, 500 heridos y numerosos dispersos.

Derqui no creyó que el resultado de la batalla de Pavón fuese el fin. Pensó que podía continuar la lucha y designó a Saá jefe del ejército del centro, ascendiéndolo a brigadier, lo mismo que a Juan María Francia.

Urquiza había tomado una decisión y dejó al presidente Derqui a merced de su creciente impotencia, y en los primeros días de octubre, por su iniciativa, la provincia de Entre Ríos reasumió su soberanía y se sustrajo de la lucha.

El 22 de noviembre Mitre destacó contra las fuerzas del general Virasoro un cuerpo de ejército al mando del general Venancio Flores, que sorprendió al bando opositor en la Cañada de Gómez, donde se realizó el encuentro final. El 5 de noviembre de 1861, Derqui se embarcó en un buque de guerra británico, el Ardent, rumbo al Uruguay, radicándose en Montevideo hasta 1864, en que pasó a Corrientes.

En 1869 el general Mitre explicaba a Juan Carlos Gómez, que ?Pavón es la gran victoria del partido de la libertad argentina?. Fue necesaria la visión de futuro de un jefe como Mitre para no volver al levar al país a la desintegración nacional.