Esta importante zona de costa y de arrecifes, comprendida entre Cancún y Puerto Juárez y la costa occidental de Isla Mujeres, ha permanecido prácticamente deshabitada desde la llegada de los españoles y la huida de sus originales pobladores mayas. Ha sido zona de refugio de piratas y zona habitual de navegación de los barcos españoles que iban y venían a México en los años que permaneció bajo dominio español. Es por eso que en el fondo de sus aguas se hallan innumerables barcos hundidos, uno de los atractivos a la hora de practicar el submarinismo.

El actual sustrato arrecifal tiene una antigüedad de 125.000 años y probablemente se empezó a formar debido al descenso del mar causado por las últimas glaciaciones.

La flora de la parte terrestre está formada fundamentalmente por manglares y vegetación de dunas, hasta contabilizar 40 especies registradas. Pero sin duda su mayor riqueza se encuentra en el fondo marino, donde se han contabilizado 235 especies distintas de algas y más de 70 especies de coral, algunas especialmente protegidas.

Y en ese fondo marino se encuentran también 82 especies de esponjas, 43 de moluscos, 65 de poliquetos, 37 de crustáceos, 21 de sipuncúlidos y 24 de equinodermos. Y en los vertebrados se han llegado a registrar más de cien especies de peces, cuatro tipos de tortugas, 11 de delfines y ballenas e incluso dos de cocodrilos en zonas costeras.

Con respecto a las aves, de las que hay más de 30 especies, en alguno de los islotes de la zona se tiene constancia de anidamientos de dos especies de golondrinas que no existen en ningún otro lugar de México.

El área delimitada como Parque sigue sin tener habitantes, pero soporta la presión de los más de 300.000 que viven entre Cancún e Isla Mujeres, más los dos millones de turistas anuales que visitan la zona.