El Parque nacional Arrecife de Puerto Morelos forma parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental” (también conocido como “Gran Arrecife Maya” y pertenece al “Sistema Arrecifal Mesoamericano”) considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo, así mismo esta sección de la barrera, ubicada frente a Puerto Morelos, se extiende al norte hasta la colindancia con el Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc.

El clima de la región es cálido, subhúmedo con temporadas de lluvia marcadas. Se reporta una temperatura del aire promedio anual de 26.3°C, con un máximo en el verano de 32.5°C y una mínima en el invierno de 13°C. Las lluvias son más abundantes en el verano y la humedad relativa promedio anual es de 84%. Los vientos alisios dominan, aunque son interrumpidos por "nortes" normalmente de octubre a mayo. La temporada de huracanes comprende los meses de junio a noviembre, de los cuales agosto y septiembre son los meses de más alta incidencia.

Con la finalidad de cumplir con los objetivos de protección del parque se han establecido diferentes zonas de manejo: uso recreativo, educativo, de navegación, y uso científico.

En la laguna arrecifal la práctica de actividades acuáticas no motorizadas es muy popular, tales como el kayak y windsur.

Existen prestadores de servicios de la comunidad, que cuentan con embarcaciones para visitar el arrecife y practicar el snorkel, la profundidad de los corales es de solo 2 metros en estas zonas, por lo que es una gran oportunidad de conocer los corales y peces de colores en su ambiente natural para todos aquellos que no practican el buceo.

Existen así mismo prestadores de servicios que brindan la oportunidad de bucear a mayor profundidad dentro de los límites del parque en arrecifes naturales de coral y en el arrecife artificial cañonero C-56 “Juan Escutia” donado y hundido por la Armada de México en el 28 de octubre de 2000.