La Colonia Salto del Guairá, fue fundada el 3 de marzo de 1959, por una empresa privada denominada Colonizadora Salto del Guairá S.A conforme la nota recibida por el directorio de la firma, conformado por los señores José Luís Serrati, Ibrahin Abud y Carlos Ricardo Méndez Goncalvez. Antes de su fundación, el lugar fue denominado reserva fiscal Nº 10, posteriormente por resolución Ministerial del 17 de octubre de 1972, fue creada la Junta Parroquial, dependiente del Distrito de Hernandarias, integrada en la oportunidad por tres espectables vecinos: Cnel (SR.) Isabelino Pimienta Medina (+) como presidente, Carmelo Peralta como tesorero, y el profesor Pedro Ramón Girett en el cargo de secretario.

El 30 de julio de 1973, el Poder Ejecutivo promulgó la ley 390, creando el Distrito de Salto del Guairá y una Municipalidad de Tercera Categoría, desafectandose del Distrito de Hernandarias. Ese mismo año con la ley Nº 426 de División Política del Territorio, a expensas de la desmembración de parte de los territorios de Caaguazú y Alto Paraná que pierde toda el área al norte del río Itambey, con el distrito de Salto del Guairá.

La junta municipal, en fecha 29 de mayo de 1974, solicita ser elevada a Primera Categoría, conforme a las disposiciones legales pertinentes, por reunir requisitos exigidos para el efecto, en consecuencia por Decreto Ley 7.131 de fecha 2 de julio de ese año, promovió a Primera Categoría al Municipio de Salto del Guairá, constituyéndose en capital del Departamento de Canindeyú.

Su creación coincide con el periodo de avance de la frontera agrícola hacia el este, la construcción de la represa de Itaipú y la extinción de los Saltos del Guairá.