El río Paraguay divide al Paraguay en dos regiones: al oeste la región Occidental o Chaco y al este la región Oriental.

La región Oriental abarca el 39% del territorio nacional y alberga al 97,3% de la población. Tiene más de 800 ríos y arroyos y el 95% de sus tierras son cultivables. En esta región están las principales instituciones de la República y los más importantes patrimonios históricos y culturales. Tiene 14 Departamentos y la mayor estructura sanitaria, vial, educativa, comunicación y servicios básicos.

La región Occidental o Chaco tiene el 61 % del territorio nacional y alberga a un poco más del 2 % de la población. Su territorio está formado por un fondo marino que emergió en la era Cuaternaria de tierras secas y arcillosas, poblado de matorrales extensos y palmares, esteros, lagunas y riachos. Tiene 3 Departamentos y su producción económica, formada por algunos cultivos y la ganadería, se concentran en el Departamento de Presidente Hayes. En esta región la temperatura media anual supera los 31 °C.

Las principales cordilleras del Paraguay son muy antiguas y forman parte de desprendimientos de coordilleras mayores ubicadas en el Brasil. La cordillera del Mbaracayú es la frontera natural que se separa Paraguay de Brasil. Tiene una antigüedad de 40 millones de años y corresponde a la era Mesozoica y su pico más alto se encuentra en territorio brasileño, es el Pan de Azúcar con una altura de 500 msnm. El cruce del río Paraná con la cordillera del Mbaracayu produce saltos de agua, algunos de los cuales quedaron bajo con la construcción de la Represa de Itaipú.

La coordillera del Amambay también es un límite natural con Brasil y tiene una longitud de unos 200 kilómetros, es la que tiene la mayor altura media (400 msnm) y sus picos más importante son el Ponta Pora de 700 msnm y el Mangrullo de 540 metros de altura.

La coordillera de Caaguazú se origina en el cruce de las coordilleras Amambay y Mbaracayú y mientras va al sur de la región se desprende en dos ramales menores: Cordillera e Ybytyruzú, que tiene el punto más elevado del Paraguay, el cerro Tres Kandú de 842 metros de altura.

Los picos más elevados del chaco no forman parte de ninguna coordillera y se encuentran en la zona fronteriza con Bolivia, donde está el cerro Ustares de 300 metros de altura.

Paraguay posee un clima subtropical en la región del Paraná, y uno tropical en el Chaco. La primera es húmeda, con abundantes precipitaciones a través del año, y solo hay una estación moderada por cambios en la temperatura. Durante el verano del Hemisferio Sur, la influencia dominante sobre el clima es el cálido viento sirocco que sopla desde el noreste. En invierno, el viento dominante es el fresco pampero proveniente del Anticiclón Pacífico, que sopla atravesando Argentina de sudoeste a noreste, y que previamente fue interceptado por los Andes desde el centro hacia el sur de ese país. Debido a la falta de barreras topográficas dentro de Paraguay, esos vientos prevalecientes y opuestos pueden avanzar de manera abrupta produciendo cambios veloces e irregulares en el usualmente tiempo moderado. Los vientos se mueven generalmente como briscas. Las velocidades máximas no suelen superar los 70 km/h, aunque con características catastróficas se han reportado excepcionabilísimas velocidads de 160 km/h, y la ciudad de Encarnación (Paraguay) puede ser alcanzada por tornados.

La región de Paraná tiene solo dos estaciones distintivas: verano, de octubre a marzo; e invierno de mayo a agosto. Tanto abril como septiembre son meses transicionales en dond las temperaturas están por debajo de las medias de medioverano, y los mínimos puden bajar del punto de congelación. Climaticamente, el otoño y la primavera no existen realmente. Durante los inviernos, julio es el mes más frío, con una media de cerca de 18 °C en Asunción y de 17 °C en el plateau del Paraná. No hay significativas variaciones norte-sur. El número de días con temperaturas por debajo de 0 ºC, son de no más de tres y como mucho 16 anualmente, con más amplias variaciones en el interior. Algunos inciernos son muy medios, con vienos constantemente soplando del norte, y muy pequeñas heladas. Durante un invierno frío, sin embargo, lenguas de aire polar Antártico pueden llevar las temperaturas cerca del congelamiento a todas las áreas. Ninguna parte de la región del Paraná está enteramente libre de la posibilidad de heladas y consecuente daño a los cultivos, y pequeñas nevadas pueden reportarse muy excepcionalmente en varias localidades.

Aire húmedo tropical mantiene el tiempo cálido en la región del Paraná de octubre a marzo. En Asunción el promedio estacional es de 24 °C, con enero--el mes más cálido--promedianod 29 °C. Villarrica tiene una temperatura media estacional de 21 °C y en enero una media de 27 °C. Durante el verano, las temperaturas diurnas alcanzan 38 °C como muy común. Frecuentes olas de aire fresco del sur, causan un tiempo que va alternando entre cielo claro, a condiciones de humedad y tormentas. El cielo permanece normalmente descubierto por una semana a diez días mientras la temperatura y la humedad sube continuamente. Al llegar a un límite intolerable de sofocación, nubes de ormenta preceden a un frente frío que sopla del sur, y las temperaturas pueden caer tanto como 15 °C en pocos minutos.

Las lluvias en la región del Paraná está regularmente distribuida. Aunque las condiciones meteorológicas locales juegan un rol de contribución, la lluvia cae usualmente cuando masas de aire tropical son dominantes. Las últimas lluvias ligeras caen hasta agosto, con promedios en varias partes de la región de 20 a 100 mm. Los dos periodos de máxima precipitación son marzo hasta mayo y de octubre a noviembre.

Para toda la región, la diferencia entre los meses más seco y más húmeod oscilan entre 100 y 180 mm. El promedio anual de lluvias es de 1270 mm, y el promedio en el Plateau del Paraná es 250 a 380 mm más grande. Todas las subregiones pueden experimentar considerables variaciones de año a año. Asunción ha registrado como mucho 2080 mm y tan poco como 560 de lluvia anual; Puerto Bertoni en el Plateau Paraná ha registado entre 3300 mm y 790 mm.

En contraste con la región del Paraná, la del Chaco tiene un clima tropical húmdo-seco, bordeando lo semiárido. El Chaco experimenta estaciones alternativamente inundadas y secas, con variaciones estacionales de temperatura modestas. Sus temperaturas son usualmente altas, los promedios caen solo ligeramente en invierno. Aún de noche, el aire es tibio. Las lluvias son livianas, variand de 500 a 1000 mm/año, excepto en las tierras más altas del noroeste donde es aún mayor. La lluvia se concentra en los meses veranieos, y extensas áreas que son desiertos en invierno, se encharcan en verano. La lluvia caída evapora muy rápidamente.

La fauna de Paraguay está formada por 100.000 especies de invertebrados, 230 especies de peces, 46 de anfibios, 100 de reptiles, 645 de aves y 167 de mamíferos.

Con respecto a la flora se registran 180 familias y 1103 géneros.